في “Muv-Luv Alternative” يستيقظ “تاكيرو” بعد ثلاث سنوات من نهاية “Muv-Luv Unlimited” ليجد نفسه في غرفته. على الرغم من أنه يعتقد في البداية أن كل ما حدث له كان حلمًا، إلا أنه سرعان ما يشعر أن هناك شيئًا ما خطأ، ويترك المنزل، ليجد أنه قد تم نقله عبر الزمن إلى بداية الأحداث في “Unlimited”. غير راغب في قبول شيء مثل “البديل الخامس”، قرر مساعدة الأستاذ “كوزوكي” لإكمال “البديل الرابع” وإنقاذ البشرية.